ChIPを諦めないで!


Posted by CSTジャパン on 2018/03/15 6:00:00


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この記事は、CSTのChIPエキスパートであるCurtisによるつぶやきです。

手元の実験結果やデータは、次に進むべき道を指し示しています。解析中のタンパク質が遺伝子制御に関わっていることを示すにはもう避けられません。「やっぱりChIPか……。」

嗚呼!クロマチン免疫沈降なんて、名前も長ったらしいし、なんて難しそうなんだろう!でも大丈夫。気を取り直して!安全メガネを掛け直してピペットを握り直しましょう。あなたもできますよ。私だって、昔はあなたと一緒だったのですから。実は、ChIPなんてやったことなかったのです。もっぱらタンパク質専門で、ウェスタンブロッティングと免疫蛍光染色ばかりやってきたものですから、核酸がどんなものであるかすら、よくわかっていなかったのです。

疑問は山積みです。免疫沈降1サンプルあたり、どのくらいの細胞数が必要なのだろう?そんなにたくさん必要なの!?︎もっと少ない細胞数ではダメなの?プライマリーセルの場合はどのくらい必要なの?組織の場合は?嗚呼!まだプロトコールのステップ1なのか!いったいこのプロトコールには幾つのステップがあるの?

ChIPを私が始めた当初、私はプロトコールのほぼ全てのステップで失敗しました。クロマチンを小さく断片化しすぎたり、逆に断片化が不十分だったり、断片化用のバッファーに界面活性剤を入れすぎてしまったり、その逆だったり……。IPに加える抗体量が足りなかったり、入れすぎてしまったり (実のところ、この失敗は結構頻繁に起こります)。ちょうど良い塩梅にできたためしなど、なかったのです。

ある時は、私はDNA洗浄後にスピンカラムを廃液受け用のチューブから新しいチューブにセットし直すのを忘れてしまい、精製したばかりのChIP-PCR解析用DNAサンプルをエタノール廃液の中にぶち撒け、2日間のベンチワーク (と2週間の細胞培養) を無駄にしてしまいました。また、私は低品質のビーズやカラム、PCR試薬を使っていましたが、今になって思えば、それは私自身で実験に妥協していたようなものでした。時間とお金は無尽蔵にあるわけではありません。私の欲求不満はピークに達し、思わず叫んでいました。「嗚呼!何故!私は何をしているのだ!」

答えは単純明快です。全ての失敗は私が経験済みですから、あなたはもう時間を無駄にする必要はないのです。このブログの読者であり、真理の探求者たるあなたは。あなたはクロマチン免疫沈降という新しい世界に果敢にも挑もうとする科学者。CSTには、私が開発し磨き上げてきたキットと専用のプロトコールがあります。私たちは、どの試薬がベストであるか突き止め、ChIPキットに実装しました。私たちは、良い結果を得るには実際のところどのくらいの細胞数が必要なのかを突き止めました。また、私たちの開発した低界面活性剤濃度のクロマチン断片化用バッファーが、一般的な市販のバッファーに比べて、遥かに優れていることも見出しました。さらに、開発した抗体の全てをタイトレーションして、ChIP実験に必要な量を決定しました (この量はそれぞれの抗体のアフィニティーに依存して変化します)。私たちは、ChIP-seqライブラリーの構築に必要なIP後のDNA量が何ナノグラムであるかを知っています。私たち自身で実験してきたので、あなたが疑問に思う質問のほとんど全てに対する答え を知っているのです。

私はこれまで何百ものお客様の実験トラブル解決のお手伝いをしてきました。数千時間もの時間を、お客様との電話や電子メールのやりとり、お客様のデータの分析に費やしています。何年にもわたって、1週間に80回以上のChIP実験、数十万サイクルものPCRを行ってきました。こうした経験全てを通して得た知識をお客様に伝えたいと考えています。私たちのChIPキットと抗体をお使いいただければ、私が実験で得たデータシート上のデータをお客様も得る事ができるでしょう。時々試薬が足りなくなった時などは、販売しているChIPキットボックスを出荷部門まで取りに行って使っているのですから。

私たちのWebサイトをぜひご覧いただき、プロトコールやChIPキット、抗体をチェックしてみてください。この「小難しい」アッセイに必要な全てのツールが揃っていることがお分かりいただけると思います。私はズブの素人からスタートして、他の人のトラブルシューティングができるほどまでにレベルアップできました。私ができたのですから、皆さんももちろんできます。ですから、直接的な遺伝子制御を証明する必要が出てきたとしても、心配しないでください。ChIPを諦めないで!サポートが必要な時は、お気軽にメールや電話をしてください。

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